Taksonomi-taksonomi sering mempunyai struktur hierarki. Bagaimanapun, taksonomi boleh juga merujuk kepada skim-skim perhubungan, selain daripada hierarki, umpamanya struktur rangkaian.

Taksonomi-taksonomi yang lain termasuk anak tunggal yang mempunyai induk berbilang, misalnya, "kereta" mungkin mempunyai dua induk, iaitu "Kenderaan" dan "Mekanisme Keluli"; bagaimanapun, bagi sebilangan orang, ini hanya bermaksud bahawa 'kereta' merupakan sebahagian daripada beberapa taksonomi yang berbeza. Satu taksonomi mungkin merupakan satu susunan yang mudah untuk mengumpulkan benda-benda, atau satu senarai berabjad. Untuk kegunaan "pengurusan pengetahuan" yang terkini, taksonomi telah diperlihatkan sebagai sesuatu yang sempit sedikit, berbanding ontologi.

Dari segi matematik, taksonomi yang berhierarki adalah satu struktur pohon bagi mengelaskan satu set benda. Di atas struktur ini terdapat satu kelas tunggal, iaitu nod akar, yang digunakan untuk semua objek. Nod-nod di bawah akar ini ialah kelas-kelas yang lebih khusus dan digunakan untuk subset-subset bagi semua benda yang dikelaskan. Umpamanya, bagi skim-skim pengelasan saintifik yang umum untuk organisma-organisma, akarnya ialah organisma (oleh sebab ini digunakan untuk semua hidupan). Di bawahnya ialah domain, alam, filum, kelas, susunan, famili, genus, dan spesies, dengan taraf yang lain kekadangnya disisip.